肛腸中心于1956年由全國(guó)首批500名老中醫(yī)、中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)肛腸分會(huì)首任會(huì)長(zhǎng)丁澤民教授創(chuàng)建。

1994年國(guó)家中醫(yī)藥管理局首批授予“全國(guó)中醫(yī)肛腸專科醫(yī)療中心”,為國(guó)家衛(wèi)健委重點(diǎn)臨床專科，國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)專科，國(guó)家中醫(yī)肛腸重點(diǎn)學(xué)科，國(guó)家中醫(yī)藥管理局“十五、十一五”肛腸專科協(xié)作組組長(zhǎng)單位，國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理局藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)（中醫(yī)肛腸專業(yè)），江蘇省科教興衛(wèi)工程，江蘇省十大臨床醫(yī)學(xué)中心,江蘇省中醫(yī)肛腸醫(yī)療中心，江蘇省中醫(yī)肛腸臨床質(zhì)量控制中心，江蘇省中醫(yī)示范專科建設(shè)單位，南京市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科，南京市普通外科臨床醫(yī)學(xué)中心，南京肛腸病醫(yī)院，南京市結(jié)直腸病研究所。2018年成為國(guó)家區(qū)域診療中心建設(shè)單位。“丁氏痔科” 為國(guó)家級(jí)非物質(zhì)文化遺產(chǎn)。

目前中心有專科醫(yī)療隊(duì)伍53人，其中博士20名，碩士19名，本科14名；博士生導(dǎo)師3名，碩士生導(dǎo)師9名。有全國(guó)名老中醫(yī)工作室3個(gè)，省名中醫(yī)工作室1個(gè)，市名中醫(yī)工作室2個(gè)。設(shè)有7個(gè)病區(qū)，3個(gè)中心——江蘇省中西醫(yī)結(jié)合結(jié)直腸腫瘤中心、南京結(jié)直腸病研究所盆底疾病中心、中美結(jié)直腸神經(jīng)調(diào)控合作中心。核定床位315張。擁有內(nèi)鏡及微創(chuàng)治療中心、專科腔內(nèi)超聲室、結(jié)直腸腫瘤多專業(yè)一體化診療平臺(tái)、排便障礙性疾病診治平臺(tái)（肛管測(cè)壓室、肌電圖室、生物反饋治療室等）、炎性腸病多專業(yè)一體化診療平臺(tái)等。

肛腸中心已建立五個(gè)亞專科及研究方向：1、排便障礙性疾病；2、結(jié)直腸腫瘤；3、環(huán)狀痔及復(fù)雜性肛瘺；4、炎癥性腸病；5、感染性肛周疾病，共60余種疾病（ICD編碼）。中醫(yī)特色優(yōu)勢(shì)明顯，西醫(yī)技術(shù)先進(jìn)，綜合實(shí)力國(guó)內(nèi)領(lǐng)先，國(guó)際先進(jìn)。

中心設(shè)有7個(gè)病區(qū)，4個(gè)中心（江蘇省中醫(yī)肛腸疾病臨床醫(yī)學(xué)創(chuàng)新中心、江蘇省中西醫(yī)結(jié)合結(jié)直腸腫瘤中心、南京結(jié)直腸病研究所盆底疾病中心、中美結(jié)直腸神經(jīng)調(diào)控合作中心）。專科醫(yī)療隊(duì)伍53名。其中博士20名，碩士19名，本科14名；博士生導(dǎo)師3名，碩士生導(dǎo)師9名。3個(gè)全國(guó)名老中醫(yī)工作室、1個(gè)省名中醫(yī)工作室，2個(gè)市名中醫(yī)工作室。