針灸科成立于1956年，1997年成為南京市中醫重點建設單位；1999年成為江蘇省中醫重點專科建設單位，目前為江蘇省中醫重點專科、南京中醫藥大學附屬南京中醫院針灸推拿教研室、南京中醫藥大學國際教育學院針灸臨床教學基地，近年來發展成為國家中醫藥管理局電子灸技術協作組組長單位，麥粒灸、火針、浮針技術協作組成員單位，國家中醫藥管理局“面癱”、“肩周炎”臨床路徑協作組成員單位。南京針灸學會浮針專業委員會主任委員單位，世界中醫藥聯合會浮針專業委員會副理事長單位。

科室歷經60余年的建設、創新與發展，擁有一支技術精湛、團結協作、不斷進取的專科學術創新團隊，在醫療、教學、科研、科室規模、專業人員隊伍、門診接診病人能力及診治水平等方面處于國內相關領域領先水平。科室擁有27名臨床醫師，其中主任醫師/教授6人，副主任醫師/副教授4人，主治醫師/講師14人，住院醫師/助教3人，其中博士研究生4人，碩士研究生17人；現有學科帶頭人1人，學科后備人才2人，省級名中醫1人，市級名中醫4人，區級名中醫3人，博士研究生導師1人，碩士研究生導師5人。

針灸科病區開放床位30張，科室圍繞經絡整脊技術、穴位埋線技術、針刀療法、浮針療法等特色技術，已成立經絡整脊、穴位埋線、肌肉科（肌骨疼痛及肌少癥）、針刀、月經不調等五大亞專科，以及建立頸椎病、腰痛、帶狀皰疹神經痛、面癱、耳鳴耳聾、中風后遺癥、尿失禁、美容等專病門診。科室積極引進射頻灸療等新技術設備，并以射頻灸療治療艙為載體，搭建“械藥融合”技術新平臺。

我科在針刺治療頸肩腰膝部疾病、面癱、肥胖病、胃食管反流病、帶狀皰疹及后遺神經痛、中風康復、失眠、頭痛、焦慮抑郁、月經病和不孕癥、慢性疲勞綜合征等，冬病夏治（三伏貼）、三九貼等方面形成了集診斷、治療、康復、預防等為一體的規范化防治體系。我科長期承擔境外留學生的國際針灸教育工作，在海內外享有較高的聲譽，同時在白俄羅斯設立的莫吉廖夫南京中國傳統醫學中心協助當地醫院開展針灸專業診療服務，在南京市政府“一帶一路”項目建設中發揮了積極的作用。