腫瘤科建科于1993年，為“國家中醫藥管理局重點專科”、“江蘇省中醫重點臨床專科”、“南京市中醫重點專科”、“江蘇省中西醫結合結直腸腫瘤診療中心”、“中國中醫腫瘤防治聯盟單位”。

科室開設2個病區及放療部，開放床位共100張，在職員工59人，其中醫師23人，放療物理師3人，放療技師4人；護理人員29人。博士研究生導師1名，碩士研究生導師4名，省級名中醫1名，高級職稱14人，博士7人，碩士12人。科室堅持中醫為主、中西醫結合協同發展，目前成為集腫瘤化療、放射治療、分子靶向治療、免疫生物治療、腫瘤微創消融介入、中醫中藥治療為一體的綜合診治專業團隊。

科室開展結直腸癌、食管癌、胃癌、肺癌、乳腺癌、卵巢癌等多種實體腫瘤的診治。設有結直腸癌、食管癌、肺癌等多學科一體化診療平臺，并設有日間病房、安寧療護、研究型病房、生物樣本庫。并設有消化道腫瘤、胸部腫瘤、生殖系統腫瘤、放射治療、腫瘤微創介入治療等亞專業方向。中醫藥特色治療包括中藥內服、外治熏洗、穴位貼敷、中醫運動康復等療法，并有扶正升白口服液、扶正化痰飲等多種院內制劑療效顯著，深受患者好評。科室獲得國家、省市科研項目多項、獲得省市級科技獎項多項。