南京市中醫院婦科創建于1956年建院初期，目前為國家級、省級中醫重點專科、國家中藥新藥及器械臨床試驗基地、南京中醫藥大學中醫婦科碩士點。科室現有全國中醫師承指導老師1名，江蘇省名中醫1名，南京市名中醫3名，碩士生導師7名，高級職稱15人。碩博士學歷占比90%，中醫專業醫師占比94%。門診設有專家門診、專病門診、普通門診、門診手術室、陰道鏡室、盆底功能診治室、中醫特色治療室等，同時設有“更年期多專業一體化平臺”。

婦科遵循中西醫結合優勢互補，在診療月經疾病、更年期綜合征、盆腔炎、不孕癥、宮頸疾病、子宮肌瘤、子宮內膜異位癥、婦科惡性腫瘤等疾病方面，具有獨特的臨床經驗和診療效果。科室具有院內中藥自制制劑8種（蛇黃洗劑、歸芍合劑、滋陰合劑等），中醫特色專病門診5個（先兆流產、不孕癥、盆腔炎、宮頸疾病、更年期綜合征），中醫特色治療10余項（穴位貼敷、耳穴壓豆、保留灌腸、中藥熱熨、外陰熏蒸等）。開展各級各類婦科手術，包括經腹、經陰道及腹腔鏡下良惡性疾病手術、宮腔鏡手術、宮頸手術、計劃生育相關手術等。

科室承擔國家級、省級及市級各項科研課題，獲新藥批件1項，獲省級、市級科學技術獎、醫學引進新技術獎10余項，國家專利多項。