南京市中醫院內鏡中心位于門診3樓，總面積3300平方米，是集內鏡下診斷與治療、臨床、科研、教學為一體的特色科室。目前擁有先進的儀器設備，包括Olympus 290放大胃腸鏡、富士能藍激光高清胃腸鏡及超細胃鏡、十二指腸鏡、超聲內鏡、磁控膠囊胃鏡、膠囊小腸鏡、單氣囊電子小腸鏡等。

科室常規開展無痛胃腸鏡聯做、放大+電子染色內鏡精查、超聲內鏡等檢查項目，全面開展內鏡下食管、胃、腸、膽囊、膽總管等部位的三、四級手術。科室的優勢技術包括早癌篩查；內鏡下黏膜切除術（EMR）；內鏡下黏膜剝離術（ESD）及相關延伸技術，如經口內鏡下肌切開術（POEM）、內鏡黏膜下隧道腫瘤切除（STER）等；經內鏡逆行性胰膽管造影術（ERCP）；胃鏡下食管-胃底靜脈曲張破裂出血的硬化劑、組織膠、套扎綜合治療術；內鏡下食管狹窄擴張成形術及內鏡下支架置入術；經胃內鏡下NOTES保膽手術以及線陣超聲引導下細針穿刺活檢及治療；內鏡下闌尾灌洗術；內鏡下膽石癥脈沖碎石及取出術；可吸收生物膜加速消化道創面修復術等新技術；另外，一次性膽胰成像導管的應用，為膽總管結石、肝內膽管結石、闌尾炎伴闌尾糞石患者從內鏡即解決疾病的困擾。此外，運用中醫適宜技術干預胃腸鏡圍術期的不適癥狀，取得良好效果，增加了我院中醫特色的應用單元。

呼吸內鏡方面，除電子支氣管鏡檢查，還成功開展了經支氣管鏡氣管擴張術及取異物術、肺泡灌洗術、支氣管鏡下氣管內腫瘤治療及息肉切除術、惡性氣管狹窄氣管支氣管支架置入術等。電子鼻鏡喉鏡方面，開展組織活檢等診治。膀胱鏡方面，開展膀胱檢查及組織活檢、膀胱灌注等診治。

此外，2024年初成立消化內鏡日間病區（十九區），主要收治胃腸鏡息肉以及其他需要內鏡下檢查和治療的患者。患者通常可以在24~48小時內完成入院-檢查-手術-出院的“一站式服務”。消化內鏡日間病區立足于“日間診療模式”，制定標準化、高效率的診療流程，為廣大患者提供滿意的就醫體驗。