南京市中醫院早在上世紀八十年代，即已開展中醫診治風濕病的專病研究工作。在老一輩中醫藥專家的引領之下，對干燥綜合征、類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡等風濕病進行了系統研究，并形成了鮮明的診治特色。2004年正式成立風濕病科，厚積而薄發，專科建設取得了快速發展，現為南京市中醫重點專科、江蘇省中醫藥學會風濕病專業委員會副主任委員單位、南京中醫藥大學中醫內科專業碩士點。

風濕病科擁有一支實力強、素質高的學術梯隊。現有南京市名中醫3名，主任中醫師4名，副主任中醫師6名，主治醫師2名，博士6人。設有“干燥綜合征”、“關節痛與類風濕關節炎”、“腰背痛與脊柱關節病”及“痛風調養”四個專病門診，病區開放床位45張。科室以中西醫結合治療風濕性疾病為特色，在長期的醫療實踐中，對類風濕關節炎、干燥綜合征、痛風、脊柱關節病、系統性紅斑狼瘡、皮肌炎/多肌炎、系統性硬化、骨關節炎等常見風濕病的診治積累了豐富經驗，療效肯定。科室開展肌骨超聲診斷風濕病、超聲引導下風濕病治療，在省內領先。科室中醫特色鮮明，開展中藥貼敷療法、中藥熏蒸療法、中醫定向透藥療法、超聲藥物透入療法、穴位貼敷以及針灸拔罐等，尤以中醫綜合治療方法治療干燥綜合征為特色，療效顯著。