南京市中醫院（南京中醫藥大學附屬南京中醫院、南京市中醫院互聯網醫院、南京市體育醫院）成立于1934年，現有2個院區：大明路院區主院區和夫子廟分院區；4個分院（緊密型醫聯體）：浦口分院（南京市浦口區中醫院）、高淳分院（南京市高淳中醫院）、濱海分院（鹽城市濱海縣中醫院）和伊寧市金陵維吾爾醫醫院。現占地面積92畝，建筑面積31.1萬㎡，在職人數1985人，其中衛技人員1769人，高級職稱567人，碩博士507人。

南京市中醫院是新中國成立最早的中醫醫院之一，傳承金陵醫派，發展到現在已是一所中醫特色突出，現代醫技科室設置完善，急診急救水平過硬的現代化大型三級甲等中醫醫院。2018年成為南京市人民政府與南京中醫藥大學共建直屬型附屬醫院，是全國肛腸醫療中心、國家級區域診療中心，現有國家級重點學科1個（中醫肛腸病學），國家級重點專科7個；江蘇省重點學科1個（中醫腦病學），江蘇省重點專科12個；南京市重點專科19個。醫院有全國中醫師承指導老師6人，省、市級名中醫、名中西醫結合專家67人；設有國醫大師工作站4個、國家級名中醫工作室10個、省級名中醫工作室6個、市級名中醫工作室39個、國家及省級名中醫工作室基層工作站4個、市級名中醫工作室基層工作站24個。設立江蘇省省級院士工作站-顧曉松院士工作站、江蘇省中醫肛腸疾病臨床醫學創新中心、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創新實踐基地、南京市中醫藥現代化與大數據研究中心、南京市中醫藥轉化醫學基地、南京市普外科臨床醫學中心、南京市醫學重點實驗室、南京市臨床生物資源樣本庫等。

醫院擁有院內自制制劑122種。擁有國家級非物質文化遺產代表性項目：丁氏痔科醫術；江蘇省非物質文化遺產項目：“洪氏眼科”“金陵中醫推拿術”；與多名國醫大師、國醫名師達成合作協議；融入“一帶一路”戰略部署，與美國、比利時等多所大學開展院校間科研、教學、人才培養全面合作；與白俄羅斯莫吉廖夫市中心醫院合作設立“中國—白俄羅斯（莫吉廖夫市）傳統醫學中心”，提供中醫診療服務，傳播中醫文化；在全國率先創立多專業一體化診療平臺，并作為典范向全國推廣建設經驗。

2021年，醫院榮登中華中醫藥學會“2021年度中醫醫院學科（專科）學術影響力”中醫肛腸病學全國排行榜第二名；肛腸科、腦病科被評為“2021屆中國中醫醫院最佳臨床型專科”。獲批1個省級臨床醫學中心——“江蘇省中醫肛腸疾病臨床醫學創新中心”，獲批2個市級臨床研究中心——南京市中西醫結合疫病研究中心、南京市中西醫結合心血管病研究中心。2022年6月醫院獲評“中國最美醫院”殊榮。

南京市中醫院（南京市體育醫院）是全國首家以三級甲等綜合醫院——南京市中醫院為依托的體育醫院（以下簡稱“南京市體育醫院”），于2022年5月24日由南京市衛健委批準成立，2022年6月起試運行，2022年10月15日正式掛牌運行。2022年11月，南京市體育醫院被確定為“南京市社會體育指導員培訓基地”；2023年，南京市體育醫院被確認為南京市運動促進健康中心、運動處方研究教學實訓基地、運動處方研發中心。

南京市體育醫院以運動促進健康中心、運動康復中心、運動醫學科“三中心”聯合為建設基礎，打造“體育+健康管理”“、“體育+運動康復”“、“體育+運動醫學”、”“體育+中醫”四融合的科學運動與精準醫療相結合的“多專業一體化”特色服務模式，將體檢篩查、健康管理、運動防護、運傷診治、運動康復、訓練指導進行有機結合，滿足運動損傷治療及全人群的運動健康服務需求，提供一站式全周期的運動促健康服務。

南京市體育醫院將大力挖掘運動診療內涵，全力推進運動健康與科技產業間的融合，搭建更大平臺，加強與科技產業的融合，糅合南京市中醫院的中醫特色和多專業一體化平臺的醫療模式，探究體衛融合醫療體系建設的新路徑，為南京市體衛融合工作培養更肥沃的土壤。